据报道，近几十年来美国新英格兰白尾棕兔的种群数量急剧下降，在美国东北部地区的好几个州里都濒临灭绝的边缘，但野生动物专家说，个中原因仍是个谜。
据生物学家和美国政府官员介绍，这种兔子曾经数量繁多，但是现在，在佛蒙特州再也没有发现它的踪影，而从罗德岛州直至新罕布什尔州也已几近绝迹，在马萨诸塞州、康涅狄格州、缅因州和纽约州，其现存数量也微不足道。
新英格兰白尾棕兔曾经在2006年被列入美联邦濒危物种法的候选物种名单，而在缅因州和新罕布什尔州则已经被列为濒危物种。
根据美国渔业与野生动物保护局的数据，自1960年代以来，在纽约州哈德逊河以东地区以及整个新英格兰，这种兔子的生存范围已经萎缩了86%。该机构披露的资料还显示，由于种群数量急剧下降，在佛蒙特州该物种已经消失，在其它传统栖息地也只有很少量的群体。
据罗德岛州最近的一项研究表明，新英格兰本地的白尾棕兔显然已经被数量庞大的东部白尾棕兔给取代了，后者似乎成为了前者的生存竞争对手。罗德岛州州立大学的自然资源科学教授托马斯·哈斯本德（Thomas Husband）与该州另一位野生生物学家布赖恩·泰福特（Brian Tefft）共同完成了该报告。
为了捕猎需要，在二十世纪初期有超过二十万只的东部白尾棕兔被引进到了当地。据研究报告披露，本地兔子的消失，部分原因是因为栖息地的丧失以及捕杀，而东部白尾棕兔这个品种对栖息地的环境要求更为简单，肯定足以应付同样的掠食动物威胁。
这两位科学家对这些品种的兔子已经研究了近二十年，他们说，新英格兰本土白尾棕兔在罗德岛州已经近乎消失了，根据他们在全州范围内进行的调查显示，在各个栖息地以及饲养点里，目前仅发现了一只兔子。
据哈斯本德介绍，新英格兰本土白尾棕兔消失还有一个可能的原因就是，像北美草原狼以及山猫这样的捕食动物又大量出现，因为东部白尾棕兔在该地区的数量激增，给这些掠食动物提供了大量猎物。
另一个可能的原因是这两种兔子之间的微弱物种差异。与东部白尾棕兔相比，新英格兰本土白尾棕兔的眼睛不仅更小，而且眼睛在头部的位置更靠前，这使得它们的视野较为狭窄，更难于发现周围的捕食者。而与新英格兰本土的这种兔子相比，东部白尾棕兔却能够更灵活而迅捷地摆脱接近的捕食者。
不过哈斯本德又说：“以上这些因素都只是猜测而已。”为此他们将在明年开展一项新的研究，以得出确切的结果。不过生物学家们也在激烈争论，应该如何再次引入新英格兰白尾棕兔。未来一个可能的新栖息地是位于纳拉干海湾中部的佩兴斯岛，但是这两种兔子此前都没有在这个小岛上生活过。
美联邦以及新罕布什尔州政府今年四月宣称，在今后五十年里，政府将在国有以及私有土地上帮助恢复新英格兰白尾棕兔的栖息地。
这种动物倾向于生活在处于成长中的森林或者说灌木丛中，要求茂密杂乱的植被环境。一旦森林的年纪超过了25年，树木已经长得比较高大，而灌木丛开始变得稀疏，那么这样的栖息环境就不太适合新英格兰白尾棕兔的生存了。